显示方法、解析装置以及存储介质与流程
未命名
09-29
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1.本发明涉及一种显示方法、解析装置以及存储介质。
背景技术:
2.以往,在解析/显示电泳数据的软件中,以电泳图谱、凝胶图像和峰列表等方式显示所检测出的数据。
3.在日本特开2020-20725号公报中,公开了通过电泳而分离出的样本的数据解析装置的一例,该数据解析装置以电泳图谱和凝胶图像的方式显示所检测出的数据。
技术实现要素:
4.在这样的电泳数据中,包含与通过电泳而划分出的多个成分对应的多个峰。通常,用户指定多个峰中的关注的峰,并对该关注的峰进行解析。这样的指定关注的峰的方法虽然能够通过例如以目视和手动的方式指定与用户所关注的成分对应的峰来进行,但需要进一步的改进。
5.本公开是鉴于这样的情况而完成的,其目的在于在电泳数据的解析装置中自动地将关注的峰特定地进行显示,从而提高用户的作业效率。
6.本公开的第一方式涉及针对多个样本通过电泳分离分别得到的多个数据的显示方法。多个样本包含已知样本和未知样本。多个数据包含与已知样本对应的第一数据以及与未知样本对应的第二数据。第一数据包含与所分离出的已知样本的成分对应的第一峰。第二数据包含与所分离出的未知样本的成分对应的第二峰。显示方法包括以下步骤:获取多个数据;从第一数据和第二数据分别检测第一峰和第二峰;将相对于第一峰而言包含在规定的阈值内的范围设定为特定范围;针对第二数据判定第二峰是否包含于特定范围;以及在第二峰处于特定范围的情况下,将第二峰特定地进行显示。
7.本发明的上述和其它目的、特征、方面以及优点根据与附图关联地理解的本发明所相关的下面的详细说明而变得明显。
附图说明
8.图1是示出按照本实施方式的解析系统的整体结构的图。
9.图2是示出方法设定画面的一例的图。
10.图3是示出检测设定画面的一例的图。
11.图4是示出样本信息和分析顺序的设定画面的一例的图。
12.图5是示出解析结果画面的一例的图。
13.图6是示出电泳图谱的一例的图。
14.图7是示出解析装置的显示处理的流程图。
15.图8是示出检测范围的设定处理的流程图。
16.图9是示出按照变形例的解析结果画面的一例的图。
17.图10是示出与对照的事后设定有关的处理的流程图。
具体实施方式
18.下面,参照附图来详细地说明本发明的实施方式。此外,对图中同一或相当部分标注同一附图标记并不重复其说明。
19.[1.解析系统的结构]
[0020]
图1是示出解析系统的整体结构的图。如图1所示,解析系统100包括解析装置1以及电泳装置2。
[0021]
电泳装置2对设置于孔被呈矩阵状地形成的板21的多个样本自动地进行连续分析。具体地说,例如,用户将样本设置于板21。电泳装置2将样本从板21导入微细的分析流路中。在分析流路中包含荧光色素,样本在分析流路中进行泳动的期间被荧光色素染色。电泳装置2向分析流路施加电压,将样本按每个成分进行分离。然后,电泳装置2向分析流路照射紫外线,并对从所分离出的成分产生的荧光进行检测。电泳装置2获取表示荧光的信号强度与在分析流路中的移动距离之间的关系的分离数据。此外,该移动距离一般与样本的尺寸(分子量)相关。
[0022]
在本说明书中,样本包括dna或者rna作为成分,电泳装置2根据作为dna或者rna的尺寸的碱基对的数量(bp:base pair(碱基对)或者nt:nucleotide(核苷酸))分离dna或者rna。但是,样本的成分并不限定于以上的例子,只要能够通过电泳而被分离即可,例如也可以是蛋白质。
[0023]
解析装置1从电泳装置2获取通过电泳而得到的分离数据,并实施数据解析处理。分离数据与本公开中的“数据”的一个实施例对应。
[0024]
解析装置1具备处理器10、存储器11、输入部12以及显示部13。
[0025]
处理器10例如包括cpu(central processing unit:中央处理单元)。处理器10将存储器11中保存的程序展开到ram等中并执行该程序。
[0026]
存储器11例如包括rom(read only memory:只读存储器)、ram(random access memory:随机存取存储器)、非易失性存储器。rom中保存的程序是记载解析装置1的处理过程的程序。非易失性存储器将从电泳装置2送来的分离数据存储为数据文件。此外,存储器11也可以代替非易失性存储器或者除此之外还包括硬盘装置。
[0027]
输入部12例如包括键盘和鼠标等。显示部13包括液晶显示器等。解析装置1按照记载处理过程的程序来生成显示用数据,并使该显示用数据显示于显示部13。关于其控制,不限于利用软件的处理,也能够通过专用的硬件(电子电路)进行处理。
[0028]
[2.与以往的解析系统之间的比较]
[0029]
在通过电泳分离得到的分离数据中,包含与所分离出的成分对应的峰。通常,在对分离数据的解析中,用户以目视或者手动的方式指定包含于分离数据的峰中的、与应关注的成分对应的峰,并对该指定的峰进行解析。
[0030]
例如,关于未知样本,考虑解析是否包含与作为对照试样(对照)的已知样本相同的成分的情况。在该情况下,判定包含于未知样本的分离数据的峰(下面也称为“未知样本峰”)与包含于对照的分离数据的峰(下面也称为“对照峰”)是否一致。在该情况下,例如基于对照峰,来设定未知样本峰的检测范围。而且,在未知样本峰包含于检测范围的情况下,
用户检测该未知样本峰,并判定未知样本是否包含与对照相同的成分。
[0031]
具体地说,例如,用户首先将相对于对照峰而言处于规定的阈值内的范围设定为检测范围,并将该检测范围输入到解析装置中。然后,解析装置判定检测范围中是否包含未知样本峰。在未知样本峰包含于检测范围的情况下,解析装置检测该未知样本峰。因此,用户能够基于该检测出的峰,来判定未知样本是否与对照相同。
[0032]
但是,在像这样用户以手动的方式设定检测范围的情况下,要考虑下面的问题。第一个问题在于,每当变更对照时,需要用户重新设定检测范围。第二个问题在于,在对照的分离数据中包含大量的峰的情况下,用户需要设定与该大量的峰相应的大量的检测范围。第三个问题在于,用户需要在进行对照的分离数据的解析并检测出对照峰之后,基于对照峰设定检测范围,并在此基础上重新进行未知样本的分离数据的解析。即,对于用户而言,产生了进行两次样本的解析的工夫。
[0033]
因此,按照本实施方式的解析装置1将相对于对照峰而言包含在规定的阈值内的范围自动地设定为检测范围。而且,在未知样本峰包含于检测范围的情况下,解析装置1将该未知样本峰特定地进行显示。即,解析装置1自动地将应关注的峰特定地进行显示,因此提高用户的作业效率。
[0034]
[3.设定画面]
[0035]
接下来,使用图2~图4来说明为了进行由解析装置1进行的相对于对照峰而言的检测范围的设定以及包含于检测范围的未知样本峰的特定的显示、而由用户进行各种设定的画面。通过处理器10将图2~图4所示的画面显示于显示部13。此外,对照峰和未知样本峰分别对应于本公开中的“第一峰”和“第二峰”的一个实施例。同样地,对照的分离数据和未知样本的分离数据分别对应于本公开中的“第一数据”和“第二数据”的一个实施例。
[0036]
(3-1.方法设定画面)
[0037]
图2是示出方法设定画面的一例的图。方法设定画面是用于设定分析中所使用的方法的画面。方法表示包含与分析有关的条件、消耗品的信息和过程中的至少一者的分析方法。方法包含方法表tb1以及方法设定按钮bt1。
[0038]
方法表tb1呈现与方法有关的信息。方法表tb1包含“方法名称(使用对照/不使用对照)”、“试剂盒”、“色素”、“模式”、“尺寸标准”、“编辑者”、“更新日期时间”、“其它”的项目。
[0039]
项目“方法名称(使用对照/不使用对照)”示出方法的名称、以及该方法是使用对照的方法或者是不使用对照的方法。
[0040]
项目“试剂盒”示出该方法中所使用的试剂盒的名称。试剂盒的种类例如根据分离的成分的尺寸(bp)来决定。
[0041]
项目“色素”示出该方法中所使用的色素的名称。色素用于对被电泳分离出的成分进行染色或者着色。在色素为荧光色素的情况下,检测例如通过照射紫外线而产生的荧光的信号强度(mv)。
[0042]
项目“模式”示出该方法中所使用的试剂的制备模式。
[0043]
项目“尺寸标准”示出该方法中所使用的尺寸标准的名称。尺寸标准是成为想要解析的未知样本以及作为对照的已知样本的尺寸的指标的样本。本说明书中的尺寸标准对应于在本公开中用于以碱基对的数量规定所分离出的成分的“基准样本”的一个实施例。尺寸
标准的分离数据对应于本公开中的“第三数据”的一个实施例。
[0044]
项目“编辑者”示出编辑该方法的人。
[0045]
项目“更新日期时间”示出该方法的更新日期时间。
[0046]
项目“其它”示出方法表tb1中所包含的其它项目。例如,“其它”也可以包含与该方法有关的备注。
[0047]
方法设定按钮bt1是用于方法的设定的按钮。
[0048]
方法设定画面中的方法的设定例如下面那样进行。用户通过点击来在方法表tb1中选择包含期望的方法的行。之后,用户通过点击方法设定按钮bt1来进行使用该选择出的方法的设定。
[0049]
在用户在图2中选择了用于使用对照的方法的情况下,接着显示图3的检测设定画面。
[0050]
(3-2.检测设定画面)
[0051]
图3是检测设定画面的一例。检测设定画面是进行与基于对照的分离数据的未知样本峰的检测范围有关的设定的画面。与检测范围有关的设定例如包含检测范围的阈值的设定。
[0052]
具体地说,例如将规定的百分比与对照峰所对应的尺寸(bp)相乘所得到的积设定为阈值。在该情况下,相对于对照峰而包含在阈值内的范围成为检测范围。
[0053]
例如,在用户输入了“10%”作为规定的百分比的情况下,若对照峰为100bp,则阈值为10bp,检测范围被设定为90bp~110bp。另一方面,若对照峰为200bp,则阈值为20bp,检测范围为180bp~220bp。
[0054]
检测范围的阈值的设定并不限定于上述的例子,也可以直接输入尺寸(bp)本身。但是,认为分离数据中的峰的尺寸的误差与峰的尺寸成比例。因此,通过如上所述地将阈值设定为尺寸的百分比,从而能够设定更适当的检测范围。
[0055]
当用户在图3的检测设定画面中完成检测设定时,或者在用户在图2的方法设定画面中选择了使用对照的方法的情况下,显示图4所示的设定画面。
[0056]
(3-3.样本信息和分析顺序的设定)
[0057]
图4是示出样本信息和分析顺序的设定画面的一例的图。样本信息和分析顺序的设定画面包含顺序设定按钮bt2、bt3以及样本表tb2。
[0058]
顺序设定按钮bt2、bt3是用于分析顺序的设定的按钮。顺序设定按钮bt2构成为当被点击时将样本的分析顺序设定为板的横向(行方向)。顺序设定按钮bt3构成为当被点击时将样本的分析顺序设定为板的纵向(列方向)。
[0059]
样本表tb2是用于供用户输入样本信息的表。样本表tb2包含项目“孔编号”、“样本名称”、“类型”、“其它”。在样本表tb2的最上面的行的单元格中分别显示这些项目的名称。样本表tb2的第二行以后的各单元格构成为能够由用户使用输入部12输入与各项目对应的值。样本表tb2的第二行以后的各单元格也可以构成为能够由用户从显示于各单元格的选择项中选择与各项目对应的值。
[0060]
项目“孔编号”示出板21上的孔编号(参照图5的板图像)。
[0061]
项目“样本名称”示出样本的名称。样本名称的一例是在提取样本时分配给该样本的样本id。样本名称的另一例是以使用户容易识别和管理的方式适当地命名的名称。
[0062]
项目“类型”示出样本的类型。样本的类型例如是指尺寸标准、对照和未知样本。
[0063]
项目“其它”示出样本表tb2中所包含的其它项目。例如,“其它”也可以是与样本有关的备注。
[0064]
样本信息和分析顺序的设定画面中的样本信息和分析顺序的设定例如下面那样进行。用户通过点击顺序设定按钮bt2或者bt3,来设定样本的分析顺序。接着,用户在样本表tb2中输入样本的信息。
[0065]
样本的信息的输入例如下面那样进行。首先,用户根据分析顺序,按板的横向输入将分析中要使用的孔编号。若像这样构成,则在电泳装置2中从样本表tb2的上方起依次进行样本的分析。接着,用户决定设置于各孔的样本。此时,针对各未知样本,指定用于设定该未知样本的未知样本峰的检测范围的对照。
[0066]
此外,下面将像这样指定用于设定样本的峰的检测范围的对照也称为“将未知样本与对照相对应”。
[0067]
在本实施方式中,未知样本假定为与最近分析了的对照相对应。即,在想要与规定的对照进行比较的未知样本存在一个以上的情况下,该一个以上的未知样本以在紧接着该对照之后被进行分析的方式被输入到样本表tb2。即,该一个以上的未知样本的信息继该对照的信息之后被输入到样本表tb2。换言之,该一个以上的未知样本的信息分别被输入到已输入了该对照的信息的行的正下方的一个以上的行。
[0068]
在图4的例子中,作为未知样本的样本s3~s8与作为对照的样本s2相对应。另外,作为未知样本的样本s10~s19与作为对照的样本s9相对应。另外,作为未知样本的样本s21~s25与作为对照的样本s20相对应。
[0069]
若像这样构成,则仅通过用户根据分析顺序来输入样本信息,就能够自动地进行未知样本与对照的对应。另外,在如图5所示的按分析顺序排列的样本的解析结果中,也容易将对照与未知样本进行对比。
[0070]
但是,未知样本与对照的相对应并不限定于该例子,也可以设为例如用户按每个未知样本设定作为对照的样本的结构。
[0071]
此外,也可以构成为:即使图2~图4所示的各种设定按每次分析全部重新设定,只要没有设定的变更的指示,就自动地使用前次使用的设定。若像这样构成,则能够提高相同的条件下的分析(常规作业)的效率。
[0072]
[4.解析结果画面]
[0073]
(4-1.解析结果画面)
[0074]
接着,说明图5,图5为示出解析系统100基于如上所述设定的各种设定来分析样本并解析分离数据所得到的结果的画面。
[0075]
图5是示出解析结果画面的一例的图。解析结果画面包含窗口w1~w5。窗口w1显示板图像。窗口w2显示凝胶图像。窗口w3显示样本列表。窗口w4显示电泳图谱。窗口w5显示峰表。
[0076]
板图像是与形成于图1的板21的矩阵状的孔的配置对应的图像。板图像是基于图4的样本信息和分析顺序的设定而制作的。在板图像中,示出为设置有样本的孔根据所设置的样本的类型(尺寸标准、对照和未知样本)而具有不同的视觉表现。不同的视觉表现的一例例如是不同的影线。另外,不同的视觉表现的另一例例如是不同的颜色。在凝胶图像和样
本列表中也共同使用与该样本的类型相应的不同的视觉表现。因此,用户能够容易在板图像、凝胶图像和样本列表中分别识别各样本的类型。另外,能够容易识别在板图像、凝胶图像和样本列表中的任一者中所关注的样本在其它两者中位于何处。即,用户能够容易识别板图像、凝胶图像和样本列表中的样本的对应关系。
[0077]
在本实施方式中,板21包含a~h行、x1~x3、1~12列的孔。在图5的例子中,尺寸标准被设置于a行x1列的孔x1a。对照和未知样本被设置于a~b行
×
12列的孔。
[0078]
样本列表是将板图像中示出的各样本按分析顺序排列而得到的列表。样本列表针对各样本包含由影线表示的样本的类型、()中示出的分析顺序、孔编号和样本名称的信息。
[0079]
在本实施方式中,使用具有四个分析流路、且一次能够进行四个样本的电泳的电泳装置2。在图5的例子中,首先,使用四个分析流路对作为尺寸标准的样本s1执行分析,因此在分析顺序(1)~(4)中示出了相同的孔x1a。之后,在分析顺序(5)以后,样本s2以后的样本依次被逐次地分析。
[0080]
凝胶图像以简单的表现来表示样本的分离数据。在凝胶图像中,分析顺序示出为(1)~(28),在其下示出孔的位置。凝胶图像是基于由电泳装置2得到的分离数据来制作的。凝胶图像的纵轴是与泳动时间、尺寸或者移动距离相关的单位。凝胶图像中的浓淡与信号强度(mv)相关。因此,凝胶图像中的各个条纹表示试样中所包含的成分。
[0081]
图5或者图6的放大图所示的电泳图谱是对照和未知样本的电泳图谱。电泳图谱是基于由电泳装置2得到的分离数据来制作的。电泳图谱的横轴是与泳动时间、尺寸或者移动距离相关的单位。在本实施方式中,电泳图谱的横轴设为尺寸(bp)。电泳图谱的纵轴为信号强度(mv)。
[0082]
作为电泳图谱的横轴的成分的尺寸是基于尺寸标准例如下面那样计算出的。尺寸标准在其分离数据中包含表示与多个规定的尺寸(bp)对应的峰的成分。因此,能够根据尺寸标准的分离数据来计算成分的尺寸(bp)与分析流路中的泳动时间之间的相关性。能够基于该相关性,来将对照和未知样本的分离数据中所包含的泳动时间转换为bp。
[0083]
在电泳图谱中示出与试样所包含的成分对应的峰。例如通过解析装置1以信号强度的每单位时间的变化为规定的阈值以上的情况为指标来检测该峰。电泳图谱中示出的峰与凝胶图像中的条纹对应。
[0084]
在本实施方式中,在被设定有对照的状态下的电泳图谱中,在未知样本峰包含于检测范围的情况下,与不包含于该检测范围的情况相比,以具有不同的视觉表现的方式进行显示,其中,该检测范围是相对于对照峰而言包含在规定的阈值内的范围。
[0085]
在图5和图6的例子中,显示设置于a行1列的孔a1的作为对照的样本s2的电泳图谱、以及设置于a行2~7列的孔a2~a7的作为未知样本的样本s3~s8的电泳图谱。在样本s2的电泳图谱中,检测出被标注了(1)~(6)的符号的六个对照峰。另外,针对对照峰(1)~(6),示出了相对于对照峰(1)~(6)而言包含在规定的阈值内的检测范围r1~r6。检测范围r1~r6是基于图3的检测设定画面中的设定而设定的,而且,对样本s3~s8中所包含的未知样本峰中的、包含于检测范围r1~r6的未知样本峰标注标记mk1、mk2来进行显示。标记mk1、mk2表示被标注了标记mk1、mk2的未知样本峰包含于检测范围r1~r6。即,自动地将用户应关注的峰特定地进行显示。因此,用户能够容易识别应关注的峰。因此,提高用户的作业效
率。
[0086]
此外,电泳图谱中的不同的视觉表现并不限定于该例子,也可以构成为例如仅包含于检测范围的未知样本峰的部分使用不同的颜色来绘制电泳图谱。另外,在图5和图6中显示(1)~(6)的符号以及检测范围r1~r6以供说明,但也可以不显示于实际的解析装置1的显示部13。
[0087]
再次参照图5,峰表是包含与峰对应的值的表。峰表例如包含项目“尺寸(bp)”、“移动时间指标”、“其它”。项目“尺寸(bp)”示出包含于检测范围的峰的尺寸(bp)。项目“移动时间指标”是分析流路中的泳动时间的指标,用于计算尺寸(bp)。项目“其它”示出峰表中所包含的其它项目。例如,“其它”项目也可以包含根据包含于检测范围的峰的信号强度计算出的与峰对应的成分的浓度的值。
[0088]
在本实施方式中,构成为:在设定有对照的状态下,仅在未知样本峰包含于检测范围的情况下,在峰表中显示所对应的值。在图5的例子中,例示出配置于a行4列的孔a4的s5的峰表。若像这样构成,则也能够在峰表中容易识别用户应关注的峰。因此,提高用户的作业效率。
[0089]
[5.解析装置的显示处理的流程]
[0090]
图7是示出解析装置的显示处理的流程图。参照图7,在步骤(以下也称为st)02中,处理器10使用方法设定画面(图2)来受理用户对方法的设定。
[0091]
在st04中,处理器10判定在st02中设定的方法是否使用对照。
[0092]
在方法使用对照的情况下(在st04中为“是”),在st06中,处理器10使用检测设定画面(图3)来受理由用户进行的与峰的检测范围有关的设定。与检测范围有关的设定包含检测范围的阈值的设定。
[0093]
在方法不使用对照的情况下(在st04中为“否”)或者继st06之后,在st08中,处理器10使用样本信息和分析顺序的设定画面(图4)来受理用户对分析顺序的设定。
[0094]
在st10中,处理器10使用样本信息和分析顺序的设定画面(图4)来受理用户对样本信息的输入。样本信息包含样本的类型。
[0095]
在接下来的st12之前,用户根据样本信息和分析顺序的设定来将样本设置于板21。然后,用户将该板21设置于电泳装置2。
[0096]
在st12中,处理器10受理分析开始的指示。通过例如用户点击显示于显示部13的分析开始按钮(未图示)来进行分析开始的指示。
[0097]
在st14中,处理器10从电泳装置2获取通过电泳分离得到的分离数据。
[0098]
在st16中,处理器10检测尺寸标准、对照和未知样本的分离数据中所包含的峰。
[0099]
在st18中,处理器10生成板图像、样本列表和凝胶图像(图5),并将它们显示于显示部13。
[0100]
在st20中,处理器10判定在st02中设定的方法是否使用对照。
[0101]
在方法使用对照的情况下(在st20中为“是”),在st22中,处理器10将相对于对照峰而言包含在st06中设定的规定的阈值内的范围设定为检测范围。在图8中说明与检测范围的设定有关的详细的处理。
[0102]
在st24中,处理器10判定未知样本峰是否包含于所设定的检测范围。
[0103]
在st26中,处理器10生成对包含于检测范围的未知样本峰标注了标记的电泳图
谱,并将电泳图谱显示于该显示部13。换言之,在未知样本峰包含于检测范围的情况下,在该电泳图谱中以标注标记的方式显示该未知样本峰。
[0104]
在st28中,处理器10生成将包含于检测范围的未知样本峰包括在内的峰表,并将该峰表显示于显示部13。换言之,该峰表构成为仅在未知样本峰包含于检测范围的情况下包含与该未知样本峰对应的值。当st28完成时,处理器10结束处理。
[0105]
在方法不使用对照的情况下(在st20中为“否”),处理器10在st30中生成电泳图谱,并将该电泳图谱显示于显示部13。在该情况下,与st26不同,以不包含标记的状态显示电泳图谱。
[0106]
在st32中,生成包含所有未知样本峰的峰表,并将该峰表显示于显示部13,结束处理。
[0107]
图8是示出检测范围的设定处理的流程图。
[0108]
在st222中,处理器10基于尺寸标准的分离数据来计算与对照峰对应的bp。具体地说,例如,处理器10首先将通过电泳分离得到的分离数据的泳动时间转换为对应的尺寸(bp)。然后,处理器10基于转换后的分离数据来计算与对照峰对应的bp。
[0109]
在st224中,处理器10设定与bp相应的检测范围。将在st06中以规定的百分比设定的阈值转换为关于各对照峰的用bp表示的检测范围。
[0110]
如以上那样,按照本实施方式的解析装置1基于对照的分离数据来自动地设定未知样本峰的检测范围。而且,解析装置1自动地将包含于该检测范围的未知样本峰特定地进行显示。由此,用户能够容易地识别是否检测到与对照峰相同尺寸的未知样本峰。即,解析装置1通过自动地检测用户关注的峰,并将该峰特定地进行显示,从而提高用户的作业效率。
[0111]
[6.变形例]
[0112]
在以上的实施方式中,在解析装置1中,在获取电泳装置2的分离数据之前,设定了用于设定未知样本峰的检测范围的对照。但是,解析装置1能够构成为在解析分离数据之后还能够设定对照。在本说明书中,将在解析分离数据之后进行的对照的设定也称为对照的“事后设定”。
[0113]
在本变形例中,说明解析装置1的与对照的事后设定有关的处理。
[0114]
(6-1.对照的事后设定画面)
[0115]
图9是示出按照变形例的解析结果画面的一例的图。图9是示出与图5所示的解析结果画面的样本相同的样本的解析结果的画面。但是,与图5不同,在图9中示出了在事先未设定对照的状态下进行解析所得到的结果。该状态例如是在样本信息和分析顺序设定画面(图4)中实际上应作为对照的孔a2、a8和b7的样本被错误地设定为未知样本的状态。
[0116]
在该情况下,在板图像、凝胶图像和样本列表中,对孔a2、a8和b7的样本赋予与未知样本相同的影线。在电泳图谱中,不包含检测范围r1~r6以及标记mk1、mk2。另外,在峰表中显示有未知样本s5的所有峰。
[0117]
并且,与图5不同,图9包含窗口w6。窗口w6是用于进行对照的事后设定的窗口。窗口w6包含用于进行事后设定的事后设定按钮bt4。
[0118]
窗口w6中的事后设定例如以下那样进行。用户参照解析结果画面的其它窗口w1~w5,来判断是否进行对照的事后设定。在用户判断为进行事后设定的情况下,用户能够使用
事后设定按钮bt4来进行事后设定。具体地说,例如,当事后设定按钮bt4被用户点击时,处理器10显示样本信息和分析顺序设定画面(图4)。用户能够使用该画面中所包含的样本表tb2来进行样本信息的变更。例如,用户针对应作为对照的孔a2、a8和b7的样本,将样本的类型从未知样本变更为对照。在该状态下,只要用户以将该变更反映到解析结果画面的方式进行指定,则解析结果画面的窗口w1~w5的显示内容被变更后进行显示。即,图5所示的孔a2、a8和b7的样本被正确地设定为对照后的解析结果画面被显示于显示部13。
[0119]
此外,用户错误地未设定对照的状态不限定于上述的例子,例如也可以为错误地设定了不使用对照的方法的状态。在该情况下,当点击事后设定按钮bt4时,例如能够显示方法设定画面来进行方法设定的变更。只要用户以将该变更反映到解析结果画面的方式进行指定,则对照被正确地设定后的解析结果画面被显示于显示部13。
[0120]
(6-2.与对照的事后设定有关的处理的流程)
[0121]
图10是示出与对照的事后设定有关的处理的流程图。参照图10,在st42中,处理器10受理使用了事后设定按钮bt4(图9)的用户对对照的事后设定。
[0122]
在st44中,处理器10受理使用了样本表tb2(图3)的用户对样本的类型的变更。
[0123]
在st46中,处理器10将检测设定画面(图2)显示于显示部13,以受理由用户进行的与检测范围有关的设定。与检测范围有关的设定例如包含检测范围的阈值的设定。但是,作为与检测范围有关的设定,也可以直接使用前次使用的设定。
[0124]
在st48中,处理器10进行板图像、样本列表和凝胶图像的变更,以及将板图像、样本列表和凝胶图像显示于显示部13。
[0125]
在st50中,处理器10将相对于对照峰而言包含在st46中设定的规定的阈值内的范围设定为检测范围。
[0126]
在st52中,处理器10判定未知样本峰是否包含于检测范围。
[0127]
在st54中,处理器10生成对包含于检测范围的未知样本峰标注了标记的电泳图谱,并将该电泳图谱显示于显示部13。具体地说,例如,处理器10进行对已经通过第一次解析生成的电泳图谱追加该标记的变更。
[0128]
在st56中,处理器10生成将包含于检测范围的未知样本峰包括在内的峰表,并将该峰表显示于显示部13。具体地说,例如,处理器10进行从已经通过第一次解析生成的峰表中去除不包含于检测范围的峰的变更。当st56完成时,处理器10完成处理。
[0129]
如以上那样,按照变形例的解析装置1能够在忘记了在电泳分离之前设定对照等的情况下在解析分离数据之后对对照进行事后设定。因此,解析装置1在解析分离数据之后也能够自动地将用户关注的峰特定地进行显示,从而提高用户的作业效率。
[0130]
[方式]
[0131]
本领域技术人员理解的是,上述的多个例示的实施方式是下面的方式的具体例。
[0132]
(第一项)一个方式所涉及的显示方法是针对多个样本通过电泳分离分别得到的多个数据的显示方法。多个样本包含已知样本和未知样本。多个数据包含与已知样本对应的第一数据以及与未知样本对应的第二数据。第一数据包含与所分离出的已知样本的成分对应的第一峰。第二数据包含与所分离出的未知样本的成分对应的第二峰。显示方法包括以下步骤:获取多个数据;从第一数据和第二数据分别检测第一峰和第二峰;将相对于第一峰而言包含在规定的阈值内的范围设定为特定范围;针对第二数据判定第二峰是否包含于
特定范围;以及在第二峰处于特定范围的情况下,将第二峰特定地进行显示。
[0133]
根据第一项所记载的显示方法,在第二数据的峰(第二峰)包含于相对于在第一数据中检测出的峰(第一峰)而言包含在规定的阈值内的特定范围中的情况下,将该第二峰特定地进行显示。即,自动地将用户关注的峰特定地进行显示。因此,提高用户的作业效率。
[0134]
(第二项)在第一项所记载的显示方法中,已知样本和未知样本分别包含dna或者rna。多个样本包含用于以碱基对的数量规定所分离出的成分的基准样本。多个数据包含与基准样本对应的第三数据。设定的步骤包括以下步骤:基于第三数据来针对第一数据计算与第一峰对应的碱基对的数量;以及设定与碱基对的数量相应的特定范围。
[0135]
根据第二项所记载的显示方法,通过针对包含dna或者rna的未知样本设定与碱基对的数量相应的特定范围,并将包含于该特定范围的第二峰特定地进行显示,从而能够提高用户的作业效率。
[0136]
(第三项)在第一项或者第二项所记载的显示方法中,特定地进行显示的步骤还包括以下步骤:基于第二数据来显示电泳图谱。显示电泳图谱的步骤包括以下步骤:在第二峰包含于特定范围的情况下,与不包含于特定范围的情况相比,以具有不同的视觉表现的方式进行显示。
[0137]
根据第三项所记载的显示方法,用户根据不同的视觉表现而容易关注到作为应关注的峰的、包含于特定范围的第二峰。因此,提高用户的作业效率。
[0138]
(第四项)在第三项所记载的显示方法中,以具有不同的视觉表现的方式进行显示的步骤包括以下步骤:在电泳图谱中对包含于特定范围的第二峰标注标记来进行显示。
[0139]
根据第四项所记载的显示方法,用户根据标记而容易关注到作为应关注的峰的、包含于特定范围的第二峰。因此,提高用户的作业效率。
[0140]
(第五项)在第三项或者第四项所记载的显示方法中,特定地进行显示的步骤还包括以下步骤:基于第二数据来显示峰表。峰表构成为仅在第二峰包含于特定范围的情况下包含与第二峰对应的值。
[0141]
根据第五项所记载的显示方法,用户能够在峰表中仅参照作为应关注的峰的、包含于特定范围的第二峰。因此,提高用户的作业效率。
[0142]
(第六项)另一方式所涉及的解析装置是解析针对多个样本通过电泳分离分别得到的多个数据的解析装置。解析装置具备存储器、处理器以及显示部。存储器存储多个数据。处理器执行根据第一项~第五项中的任一项所记载的显示方法。显示部将包含于特定范围的第二峰特定地进行显示。
[0143]
(第七项)又一方式所涉及的存储介质记录有程序,该程序通过由计算机执行来使计算机实施根据第一项~第五项中的任一项所记载的显示方法。
[0144]
对本发明的实施方式进行了说明,但应认为本次公开的实施方式在所有方面均为例示而并非限制性的。本发明的范围由权利要求书表示,意图包括与权利要求书等同的含义和范围内的所有变更。
技术特征:
1.一种显示方法,是针对多个样本通过电泳分离分别得到的多个数据的显示方法,其中,所述多个样本包含已知样本和未知样本,所述多个数据包含与所述已知样本对应的第一数据以及与所述未知样本对应的第二数据,所述第一数据包含与所分离出的所述已知样本的成分对应的第一峰,所述第二数据包含与所分离出的所述未知样本的成分对应的第二峰,所述显示方法包括以下步骤:获取所述多个数据;从所述第一数据和所述第二数据分别检测所述第一峰和所述第二峰;将相对于所述第一峰而言包含在规定的阈值内的范围设定为特定范围;针对所述第二数据判定所述第二峰是否包含于所述特定范围;以及在所述第二峰处于所述特定范围的情况下,将所述第二峰特定地进行显示。2.根据权利要求1所述的显示方法,其中,所述已知样本和所述未知样本分别包含脱氧核糖核酸即dna或者核糖核酸即rna,所述多个样本包含用于以碱基对的数量规定所分离出的成分的基准样本,所述多个数据包含与所述基准样本对应的第三数据,所述设定的步骤包括以下步骤:基于所述第三数据来针对所述第一数据计算与所述第一峰对应的碱基对的数量;以及设定与碱基对的数量相应的所述特定范围。3.根据权利要求1或2所述的显示方法,其中,所述特定地进行显示的步骤还包括以下步骤:基于所述第二数据来显示电泳图谱,所述显示电泳图谱的步骤包括以下步骤:在所述第二峰包含于所述特定范围的情况下,与不包含于所述特定范围的情况相比,以具有不同的视觉表现的方式进行显示。4.根据权利要求3所述的显示方法,其中,所述以具有不同的视觉表现的方式进行显示的步骤包括以下步骤:在所述电泳图谱中对包含于所述特定范围的所述第二峰标注标记来进行显示。5.根据权利要求3所述的显示方法,其中,所述特定地进行显示的步骤还包括以下步骤:基于所述第二数据来显示峰表,所述峰表构成为仅在所述第二峰包含于所述特定范围的情况下包含与所述第二峰对应的值。6.一种解析装置,解析针对多个样本通过电泳分离分别得到的多个数据,所述解析装置具备:存储器,其存储所述多个数据;处理器,其执行根据权利要求1所述的显示方法;以及显示部,其将包含于所述特定范围的所述第二峰特定地进行显示。7.一种计算机可读存储介质,记录有程序,该程序通过由计算机执行来使所述计算机实施根据权利要求1所述的显示方法。
技术总结
本发明提供显示方法、解析装置以及存储介质。该显示方法是针对多个样本通过电泳分离分别得到的多个数据的显示方法。第一数据包含与所分离出的已知样本的成分对应的第一峰。第二数据包含与所分离出的未知样本的成分对应的第二峰。显示方法包括以下步骤:获取多个数据;从第一数据和第二数据分别检测第一峰和第二峰;将相对于第一峰而言包含在规定的阈值内的范围设定为特定范围;针对第二数据判定第二峰是否包含于特定范围;以及在第二峰处于特定范围的情况下,将第二峰特定地进行显示。将第二峰特定地进行显示。将第二峰特定地进行显示。
技术研发人员:荻野康太 原田亨
受保护的技术使用者:株式会社岛津制作所
技术研发日:2023.03.23
技术公布日:2023/9/26
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